De acordo com informações do Tribunal de Contas da União, mais de 60% do orçamento do Sistema S é custeado por meio de “contribuições parafiscais”, ou seja, de tributos que incidem sobre a folha de salários das empresas.

Os dados de 2018, segundo a Receita Federal, mostram que foram repassados R$ 17,08 bilhões. Em 2017, foram R$ 16,47 bilhões. As alíquotas das contribuições variam de 0,2% a 2,5%, dependendo do setor (indústria, comércio, agricultura, cooperativismo, transportes e micro e pequenas empresas).